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绘制igraph网络像Gephi Force Atlas 2

运维开发网 https://www.qedev.com 2020-07-13 21:19 出处:网络 作者:运维开发网整理
我有一个具有以下特征的网络(igraph): >g IGRAPH DN-- 3370 16699 -- + attr: name (v/c), grupo (v/n), year (v/n), grupo.freq (v/n), grupo.perc (v/n), vertex.frame.size (v/n), color (v/c), vertex.frame.color (v/c),
我有一个具有以下特征的网络(igraph):

>g
IGRAPH DN-- 3370 16699 --
+ attr: name (v/c), grupo (v/n), year (v/n), grupo.freq (v/n),
  grupo.perc (v/n), vertex.frame.size (v/n), color (v/c),
  vertex.frame.color (v/c), grupo (e/n), year (e/n), color (e/c)

make clustering之后有以下组:

>table(V(g)$grupo)
   1    2    8
1516 1367  487

我对可以突出组之间关系的视图感兴趣(V(g)$grupo).我使用Gephi软件将Force Atlas 2布局到下一个图像:

http://i.imgur.com/VbcsHtl.png

我的问题是,如何在R中得到类似的结果?

我正在使用以下代码:

colbar <- rainbow(length(table(V(g)$grupo)))
V(g)$color <- colbar
E(g)$color <- colbar
V(g)$vertex.frame.color <- colbar
V(g)$vertex.frame.size <- 0.1

plot.igraph(
            g,
            layout=layout.fruchterman.reingold.grid,
            vertex.label=NA,
            vertex.size=1,
            edge.lty=1,
            edge.arrow.size=0.0000001
            )

点击链接下载我在csv或Rdata中使用的数据:

http://www.datafilehost.com/d/855e3e86

现在可以使用R中用于生成Force Atlas 2布局的代码: https://github.com/adolfoalvarez/Force-Atlas-2

布局尚未开发为包,因此您需要将代码源代码输入到R中,并使用“igraph”包.

用法是:

library(igraph)
g <- graph.ring(100)
layout.forceatlas2(g, iterations=10000, plotstep=500)

扫码领视频副本.gif

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