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从linux shell脚本调用Rscript

运维开发网 https://www.qedev.com 2020-03-19 09:24 出处:网络
任何人都可以建议我如何让这个工作…. 我有一个R脚本需要几分钟才能运行并写入几百行输出.我想在这个R脚本周围写一个shell脚本包装器,它将在后台启动R脚本,将其输出传递给一个文件并开始跟随该文件的底部.如果用户
任何人都可以建议我如何让这个工作….

我有一个R脚本需要几分钟才能运行并写入几百行输出.我想在这个R脚本周围写一个shell脚本包装器,它将在后台启动R脚本,将其输出传递给一个文件并开始跟随该文件的底部.如果用户然后输入CTRL-C我想要它杀死shell脚本和tail命令但不是R脚本.听起来很简单吧?

我在下面制作了一个简化示例,但我不明白为什么这不起作用.每当我杀死shell脚本时,尽管R脚本显然在后台运行,但它也会被杀死.我试过nohup,disown等没有成功.

example.R

for(i in 1:1000){
   Sys.sleep(1)
   print(i)
}

wrapper.sh

#!/bin/bash

Rscript example.R > logfile &

tail -f logfile

提前致谢!

以下似乎适用于我的Ubuntu机器:

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail -f logfile.txt

以下是将SIGINT发送到wrapper.sh之前的一些相关过程:

5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8519 pts/4    00:00:00 wrapper.sh
 8520 ?        00:00:00 R
 8521 pts/4    00:00:00 tail

在Ctrl C之后,您可以看到R仍然在运行,但是wrapper.sh和tail已被杀死:

5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8520 ?        00:00:00 R

虽然附上你的Rscript […]命令&将它发送到后台,它仍然是同一个进程组的一部分,因此也接收SIGINT.

我不确定这是不是你的意图,但是因为你正在调用tail -f,如果没有用Ctrl c中断,运行wrapper.sh的shell即使在R进程完成后也会继续挂起.如果你想避免这种情况,以下应该可行,

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail --pid="$!" -f logfile.txt

“$!”是执行的最后一个后台进程的进程ID(Rscript […]调用).

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